Женский Свято-Никольский монастырь позднее был переименован в Николаевский стародевичий монастырь, потому что в XVII веке случилось непредвиденное: в 1639 году в город приехали игумения и насельницы с Киева, бежавшие от поляков.
«В пограничный московский город Путивль «богомолицы пришли ограблены, наги и босы, и голодны, монастырского никакого заводу ничего не осталось». Тогда игуменья отправила челобитную на имя царя с просьбой разместить их в одном из монастырей», — написано в летописи монастыря.
Помыкавшись по матушке России, они остановились со своим бедным скрабом здесь. Это была игумения Покровского Ладинско-Подгорского Новодевичьего монастыря Елисавета, 52 монахини и их духовный отец — игумен Мефодий.
Ладанский Покровский монастырь был основан в 1600 году одновременно с Густынским. Сначала он был мужским и назывался Подгорным.
Основателем его был монах Евфимий — один из трёх монахов, которые вышли из Киевского Межигорского монастыря и пошли распространять православную христианскую веру по Руси. Старший из монахов — Иоасаф — остановился на Густинском острове у Прилук и стал основателем Густинского монастыря, а третий монах Геннадий — на горе между Ладанов и Полонка вырыл пещеру наподобие лаврских и остался в ней жить монахом-одиночкой…
Вся эта местность находилась во владении князей Вишневецких. Решение князя Михаила и княгини Раины (Ирины) основать несколько монастырей на своей территории не было случайным: это была православная семья, сама Раина была двоюродной сестрой будущего митрополита Киевского — Петра Могилы, место закладки одной из обителей — Мгарского монастыря, ей, по преданию, подсказали Ангелы. Раина и дальше всю жизнь свято хранила отцовский завет: «Утверждающий и украшающий церковь утверждает и украшает душу свою».
18 января 1619 года игумен Исаия Копинский, управляющий храмами и монастырями на Левобережье, добился от хозяйки села Ладино — княгини Раины (Ирины) Вишневецкой — разрешения реорганизовать обитель из мужской в женскую. Игуменией стала его сестра Александра.
В монастыре этом находилось два храма:
1) во имя Покрова Божьей Матери (каменный);
2) во имя св. Николая с трапезой и приделом Вознесения Господня (деревянный).
В Ладинском скиту игумен Исайя вместе со своим послушником Геннадием выкопал своими руками пещеру и подолгу жил там.
В 1620 году он был хиротонисан во епископа Перемышльского патриархом Иерусалимским Феофаном III. Из опасения насилия со стороны римо-католиков хиротония в Киево-Братском монастыре совершалась скрытно, ночью, при пении патриаршего монаха. Вместе с другими рукоположенными в то время православными епископами Западнорусской митрополии святитель перенёс все ужасы тяжелого гонения, воздвигнутого на них иезуитами и униатами. Так, 11 июля 1628 года, находясь в Ладинском монастыре, Исайя издал постановление, которым было запрещено покидать монастырь без дозволения…
Спустя почти 20 лет игумении и монахиням пришлось бежать из тех мест. Правящий в то время князь Иеремийя Вишневецкий перешел из православия в католичество (1631 г), нарушив клятву матери не изменять своей вере и не трогать находящиеся в их владениях монастыри. От всего правосл. духовенства Киевский митрополит Исайя обратился с посланием к кн. Иеремии («Поучение князю Иеремии Вишневецкому, отступившему от православия»), убеждая его сохранить православие, но это не подействовало. В ответ униатские митрополиты предлагают сыну княгини Раины Иеремии выслать Исайю из заднепровских монастырей — тот отвечает, что не может этого сделать из-за сопротивления казаков. Наконец, его свергают с митрополии, начинаются переговоры о соединении Церквей и о созыве унийного Собора, о чем узнают братия заднепровских монастырей. Под влиянием этих сообщений насельники Мгарского и Густынского монастырей и инокини Ладинской обители вместе с зависимыми крестьянами (всего ок. 100 чел.) летом 1638 г. бежали в Россию.
В Путивль прибыли монастырский духовник Мефодий и игуменья Елизавета Летинская с 50 монахинями… В Путивль первоначально было направлено 40 сестер со всем монастырским движимым имуществом, а остальные оставались в монастыре. Этот обоз, состоявший из 20 возов, был разграблен … конотопским урядником Крифтофором Сосновским [его отправил кн. Вишневецкий, чтобы вернуть насельников]. После этого сама настоятельница, о. Мефодий и остальные монахини в мирском платье направились в Путивль без имущества. Монахини были размещены в Путивльском Духовом девичьем монастыре, также как и предшествующая группа выходцев из Речи Посполитой. По государеву указу было велено выдать им «корм» на месяц, а Приказ Большого Дворца получил поручение определить монастыри, в которых можно было разместить выходцев на постоянное жительство, поскольку обе группы просили российские власти позволить им проживать вместе и далее.
Монахини, переехавшие из Ладинского Покровского монастыря, первоначально были определены в Брянский Покровский женский монастырь, но для их расселения оказалось мало места и их перевели на жительство в Алатырский Никольский женский монастырь.
В дальнейшем царь разрешил поселиться им в Алатыре, отделившись от Стародевичьего Никольского монастыря. Новый монастырь был назван Новониколаевским Новодевичьим монастырем. Именно сюда, по данным историка В.Э. Красовского, игумения Елизавета из Покровскаго Ладинскаго монастыря принесла большой чудотворный образ Нерукотворного Спаса.
В полученной через месяц царской грамоте (от 1 марта 1639 г.) писалось: «… Есть де на Алаторе место пустовое под городом, под стеною блиско от Силинской башни вверх по Суре реке подле острогу да орешника, что было дано ростовцам детям боярским. И те дети боярские, по нашему указу, взяты в Северск. И ныне то место лежит пусто, ни за кем не записано, копают огороды выездные казаки бездачно. И нам бы их пожаловать, велеть то пустовое место дати под церковь и под келии, и под всякие монастырские обиходы. И отцу их духовному игумену Мефодию и служебницам их поставить двор по блиску того монастыря».
На деньги казны построили церкви св. Николая (1639) и Покрова Пресвятыя Богородицы (1640). Игумен Мефодий привез из Москвы богослужебные вещи и книги, а 6 июня 1640 г. из приказа Казанского дворца прислали для церковного и монастырского «строенья» образа, ризы и книги, в т.ч. «псалтырь учельную» (учебную), «евангилье учительное». Историки так пишут об этом:
Одновременно началось строительство келий, трапезной, поварни, хлебной. В 1640 году обители было пожаловано мельничное место на реке Стемасе и заводь Старица для рыбной ловли: здесь водились крупные лини и караси.
Благодаря близости к реке, в 1666 году обитель удостоилась чести принять двух восточных патриархов — Паисия Александрийского и Макария Антиохийского, которые совершали путешествие по Волге из Астрахани в Саратов, по приглашению государя, Алексея Михайловича, — с направлением далее идти в Москву «водным» или «сухим путем». Патриархам предстояло участвовать в суде над бывшим патриархом, признанным раскольником, Никоном, и в его низложении, но они не должны были знать об этом до своего прибытия в Москву. В Алатыре они остановились 30 сентября 1666 года.
Маршрут движения патриархов постоянно находился под царским контролем. Алексея Михайловича интересовало, не болеет ли кто из сопровождающих патриархов лиц, не испытывают ли они в чем нужды. Ответ приставов должен был успокоить царя: «У святейших вселенских патриархов на стругех дорогою на людей их упадку никакого не бывало и ныне нет . Все люди налицо дал бог здорово».
Разорение и восстановление обители
В 1670-71 гг. Алатырь вместе со своими монастырями снова оказался на пересечении государственных и общественных интересов: в 1670 г. началось крестьянское восстание, получившее наименование Второй крестьянской войны в России. Наибольший размах она приобрела в Поволжье, а из поволжских земель — в Мордовском крае.
В сентябре 1670 года мордва с татарами, чувашами и черемисами пошла на Симбирск, чтобы присоединиться к толпам Разина. Другие толпы мордвы в то же время в сообществе с казаками и русскими крестьянами осадили Алатырь, пошли на город приступом, зажгли одну из башен острога, ворвались в город и разорили его.
При первом же удобном случае, как пишет П. И. Мельников-Печерский, «игумена «посадили в воду», то есть утопили в Суре; монахи выбрали другого — ему та же участь; выбрали третьего — мордва, ворвавшись в монастырь, скинула его с башни, зарезала одного иеромонаха, разогнала остальную братию, разграбила монастырь и, захватив все жалованные ему грамоты, завладела его вотчинами».
Сильно пострадали монастыри Алатыря, священство ближайших сел: их мучили и жестоко убивали, как выступавших против чернокнижника Разина и не желавших поддерживать веру народа в то, что он сам является настоящим царем и патриархом Руси. Так, в народе сохранилось предание, как монахинь Киево-Николаевского монастыря долго преследовали и гнали по дороге от монастыря восставшие казаки с нагайками, как издевались над ними, насиловали и убивали. Историки констатируют, что чуваши потом из рода в род передавали предание о зловещей Елениной горе с погибшей монахиней и сказание о том, что «Стенька Разин в настоящее время живет на острове Ледовитого моря. За его грехи Бог велел ему питаться песком, а для утоления жажды лизать камень. В каждую ночь тело его истребляют разные гадины. Днем он опять полнеет». Предания эти в основном являются заимствованиями из русского антиразинского фольклора и возникли не случайно. Они свидетельствуют о зверствах восставших и о том, что подлинная история потом была переписана в советское время в сторону идеализации образа Разина и увлеченных им людей.
О национальном и социальном составе восставших мы узнаем из письма арзамасского воеводы Леонтия Шейсупова царю:
«Город Алатырь выжгли весь, а воеводу Акинфея Бутурлина, Емельяна Пестрикова и дворян, которые в том городе были, всех порубили без остатку. А выжгли де тот город Алатор и воеводу и дворян порубили бунтовщики, мордва и черемиса и чюваша и воры их жа, помещиков люди и крестьяне… И те, государь, воры, мордва и черемиса, идут к Арзамасу близко»
Был сожжен и разграблен Киево-Николаевский женский монастырь.
Алатырь несколько раз переходил из рук в руки: то здесь хозяйничали разинцы, то его снова занимали царские войска: на помощь городу ринулось московское войско во главе с опытным полководцем, бывшим командующим армией в Русско-польской войне, боярином Юрием Долгоруковым. Спустя несколько лет восстание было жестоко подавлено.
Настало время восстанавливать уже «всем миром» пострадавшие храмы и монастыри. Однако про то тяжелое время до сих пор говорят, что несколько лет не было священников «служить по приходам»: все погибли или скрылись от гонений бунтовщиков в лесах. Даже спустя столетие, ситуация оставалась в этом плане сложной: в начале 1750 г. игуменья Киево-Николаевского монастыря Маргарита с сестрами были вынуждены просить архиепископа Вениамина разрешить их духовнику иеромонаху Варламу, проживающему в Алатыре, поселиться в келье вблизи монастырской ограды для того, чтобы в любое время суток совершать таинства над заболевшими монахинями. Без такого разрешения поселиться вблизи монастыря Варлам не мог.
Объединение обителей
Позднее Новодевичий монастырь оказался прибежищем настоятельницы и сестер Стародевичьего: последний в 1765 году монастырь упразднён, а его храмы превращены в приходские. Более того, позднее Киево-Николаевский Новодевичий монастырь императрица Екатерина II не только не тронула реформой, но даже удостоила своим посещением в 1767 году и пожаловала монастырю ризы, воздухи и пояс из белой шелковой материи с цветами. На каждой вещи имелся вышитый золотом вензель императрицы.